元代至正二年（1342年），由天如禅师惟则的弟子为奉其师所造，初名“狮子林寺”，后易名“普提正宗寺”、“圣恩寺”。1341年，高僧天如禅师来到苏州讲经，受到弟子们拥戴。翌年（元代最后一位皇帝顺帝至正二年），弟子们买地置屋为天如禅师建禅林。
从元朝到郑正的第二年（1342），由天如禅师惟则的弟子为奉其师所造，整个花园被做成一个稍宽的东西方的长方形。因园内“林有竹万，竹下多怪石，状如狻猊（狮子）者”，又因天如禅师得法于浙江天目山狮子岩，取佛经中狮子座之意，故名“狮子林”。
由于林园的兴衰，把寺庙、园林、房屋进行了划分和整合，将传统的造园技术和佛教思想融为一体，近代贝氏家族将西方的造园技术和祠堂引入园林，使之成为寺庙园林。它融合了禅宗的原则和园艺的乐趣。
1982年3月，狮子林被宣布为江苏省文物保护单位。2000年11月，在澳大利亚凯恩斯举行的联合国教科文组织第24届世界遗产委员会会议上，狮子林等5个园林正式获批列入世界遗产名录。2004年4月，狮子林荣获国家AAAA级旅游景区称号。