鳄鱼龟腐皮造成的肿胀、渗血以及溃烂在治疗上，按照腐皮的不同阶段有着不同的治疗方法。例如在腐皮初期，腐皮的区域还不大的时候，经过干养（方式同水霉）一段时间即可自愈（即使再不济，在此基础上涂抹聚维酮碘溶液和金霉素软膏、百多邦、红霉素软膏等消炎类型的药物一般也可以取得治疗效果）。
如果腐皮仍然比较顽固，可以考虑使用头孢类药物或者阿莫西林可溶性粉、红霉素精粉等浸泡的方式（在浸浴前水龟可以干养几个小时，同时建议在浸泡时开启加热棒，恒定水温28摄氏度左右，如果是在冬季且室内没有恒温或者保暖的条件，为了避免温差还是不用干养了）。
比较推荐使用头孢克洛颗粒，使用时每4000ml水倒入大约六分之一至四分之一包头孢克洛颗粒。作为第二代头孢菌素，头孢克洛的抗菌谱较广，对许多类型的革兰氏阴性菌有不错的杀灭作用。如果在加温且缸加盖（冬天使用加热棒还是要加盖）的条件下，水可能会散发味道。
因此可以一天一换水，但是要注意水的温差也不要过大（例如再换水前可以用另外一个整理箱里也盛放等温水，在换水时倒入）。一般而言，比较严重的腐皮经过头孢克洛颗粒药液浸泡一般在前几天就会有明显的死皮脱落，患病的龟大多可以在十几天左右治愈。