在祖庙三门的北侧，有一座两层仿清代青砖镬耳建筑，那是占地五千平方米的黄飞鸿纪念馆。走进黄飞鸿纪念馆，馆内设有陈列馆、飞鸿影院。陈列馆内，有一幅目前国内仅存的黄飞鸿真人照片，很多游客到了这里必须要和大师的照片合影。
“十三姨”莫桂兰的真人照片，也陈列在馆内。并制作了一个“宝芝林”的复制品，与电影里的场景很相似。颇令游人兴奋。纪念馆里有个很大的演武厅，每天都有一场武术表演在这里进行，黄飞鸿的门人们将精湛的武艺呈现给游客。
黄飞鸿纪念馆的建筑风格是典型的中国古代建筑风格，一砖一瓦都凸显了岭南古建筑的传统和气派，同时还保存了传统民居的合院式建筑规范。纪念馆的建筑部件从梁架、柱础、砖雕，檐板、屏风，门窗到栏板等，都是利用征集所得的旧料，让游客真真正正感受到历史的痕迹和岭南风韵。
据说，祖庙的工作人员地毯式收集了1000多件黄飞鸿的文物，近百部黄飞鸿电影以及黄飞鸿功夫的真人演绎，才形成了这座凝聚全世界38万黄飞鸿门人寻根拜祖的纪念馆。
黄飞鸿在《中华奇人大辞典》里，只有一句话的介绍，但“黄飞鸿”这个题材却被充分利用，并被演绎得传奇神奇，可见人们对正义的追求。为满足海内外华人的愿望，纪念馆已经整理出的《黄飞鸿大事年表》，刻成了石碑，放在馆内供人解读。
是祖庙的灵气哺育了黄飞鸿，而黄飞鸿的民族气节和传奇经历又给祖庙添了荣耀。在纪念馆的左侧，每天进行一次的南派舞狮表演。队员们在铁柱和木桩上闪展腾挪，将高超的岭南狮艺展示给游客。