阿吉是自杀死的。这么多年过去了，从阿吉帮邱处理车之后，生活上应该一直受到邱的照顾。所以在男主要发现“肇事者是邱”时，邱安排了阿吉的死来抵挡。镜头先是阿吉约男主，随后给了邱，如果不是邱安排的话，他当时并不知道阿吉要向告密，并不能在男主之前赶到杀死阿吉，伪装自杀。《目击者之追凶》的特点在于在剧情上设置了多重反转，正如导演所说，凶手留给观众自己去判断。
另一个特点在于电影并不是按照事件发展顺序去进行的。你跟着镜头去寻找凶手，但是所有人都要为受害人负责，即便这个受害者本身也是一个凶手。当我看到男主噙着泪水烧掉那张支票，我觉得那一刻他是善良的，但那也并不能洗刷掉他身负的罪孽。主线剧情就是围绕着男主小齐是如何通过调查以及跟踪，一步步接近九年前一桩车祸以及和车祸有关的一宗不了了之的绑架案的真相。
电影开头，小齐（庄凯勋饰）作为一名报社记者，在高速路上碰巧遇到一场车祸，作为当事人的立委和嫩模昏迷不醒，他随即拍下照片并编辑好新闻，然后发给自己的上司Maggie（许玮甯饰）。在回报社的路上自己也遭遇一场车祸，新车宝马小红被严重撞毁。小齐的好友阿吉帮他检查了车况，告知小齐买的并非新车，而是一辆明显改装过的中古车。小齐凭着自己和警局的关系，请求警局的王组长帮忙调查车辆信息。
此时，小齐也拿到了警局的车辆信息，他发现这辆车涉及的正是九年前自己目击到的一场车祸。他通过报社的系统，查询到当年车祸相关的案件情况：肇事司机仍未归案，受害者男已死亡，另一名女性在住院期间失踪，下落不明。此外，车祸前几天，发生了一件女童绑架案，且在车祸后的一个月内仍然没有结案。