被杀死的。有人觉得人家沈万三没有过错，干吗要杀呢？由于马皇后的进谏，沈万三保住了首级，但死罪免过，活罪不免，活生生给发配到云南去了。
沈万三在江南一带，大大的有名。有的说，他的名字叫沈万三，也有的说，其实是沈万山，还有的说，他名字叫沈秀，万三是人们给他起的外号。比较靠谱的说法，此人姓沈，名富，字仲荣，行三，吴人呼之曰万三。但不管怎么说，这个人应该是有的，是个元朝末年的江南富户，非常有钱。
关于他钱的来源，一种说法是他因为积德，救了一群青蛙，由此得了一个聚宝盆，所以，钱多得不得了。后来他被明太祖朱元璋发配云南，聚宝盆没丢，所以，到了云南，子孙照样是富人。另一种说法是，他是个商人，既做国内贸易，也搞国际贸易，海船直航海外。元朝不过是诸蒙古国的一个，原无所谓海内海外。国内生产不发达，但海外贸易却繁盛。所以，这也是中国唯一发行纸钞的朝代。沈万三因贸易而发家，一点都不奇怪。只要他有本事把相关的蒙古老爷打点好了，就没问题。
当然，沈万三之所以有名，不光是因为他的富有。在元末，估计江南一带，像他这样的富商，不止一个两个。他之所以出名，是因为跟朱元璋搭上了关系。有记载说，在朱元璋初露头角时，沈万三就带头送钱送粮，帮助这个草头王。学士朱升“高筑墙，广积粮，缓称王”的计策，如果没有沈万三的支持，多半实现不了。当了皇帝，朱元璋又让沈万三帮忙修宫殿，修好了宫殿，修南京城。三分之一的城墙加城门，都是沈万三的手笔。修完了城墙，沈万三还要犒赏军队。大约是口气大了点，惹得皇帝不高兴了。这个时候的朱元璋，已经不是当初礼贤下士，到处装孙子的朱重八了，脾气随着位置的加高，陡然见长。长得有点喜怒无常，动不动就杀人。所以，皇帝一不高兴，沈万三的脑袋就要丢。幸亏朱元璋还有个共患难过的马皇后，这个马皇后，没有夫君那样神经质，还有正常人的理智。
今日的江南，还有很多沈万三的遗迹，真真假假，说不清楚，但说明在江南文化里，直到今天，著名的旅游点周庄，还有许多沈万三的传说，这说明，在文化里，沈万三还活着。但云南却没有听说沈万三的故事，看来，被发配到那里的沈家人，没有折腾出什么事来。从古至今，即使是富人，也是有根的，拔了根，多半长不好。
当然，也有一种说法，说沈万三其实在元末已经死了，所有的故事，都不是发生在他的身上。但是，即便如此，朱元璋打击豪强富户的事，也不是假的，明初“巨族皆谪戍”，是载于史册的。沈万三的故事，只是一个象征而已。