结局1：柯南成功的摧毁了黑衣组织。这是绝大多数柯南迷们心中猜想的结局。为什么会是这样的猜想？从柯南的一开始是独立一个人在跟黑衣组织战斗，可随着剧情的发展，如今的结局已经是不同了。柯南渐渐的由一个人，慢慢的变成了一个团体，再慢慢的由一个团体逐渐的发展成为一个集团。只是你没有注意到罢了。
少年侦探团、灰原哀的加入，不仅是如此，随着剧情的发展，还有着日本警方、FBI、CIA等等相继成为了柯南的助力。而柯南也从一开始的名侦探，变成了上天入地无所不能的超人。柯南的身后的势力也在不断的壮大！所以说，柯南最后的结局成功摧毁了黑衣组织是非常大可能的事情。拿到解药成功变回工藤新一也是再自然不过的事情。当然是新兰永恒啦！
结局2：这一切都不过是在工藤新一在做梦！来给大家开个脑洞！想必大家非常清楚工藤新一一开始是被黑衣人敲晕的吧？并且给新一喂了莫名其妙的药。那么问题来了，也许这一切的一切，正是从那个敲晕、那个药开始了。被敲晕后的工藤新一变成的植物人，长睡不醒。可是新一的脑子并没有出现什么事情，变成植物人的新一并没有意识到自己已经成为了一名植物人。
接下来的一切的一切，全是新一自己的幻想！幻想自己变小了！在自己的世界里幻想那名黑衣人其背后有一位很强大的组织！幻想自己在跟自己幻想出来的东西，斗智斗勇！幻想自己是名儿童超级英雄，带领着一群小屁孩完成了推翻黑暗组织，幻想自己能够与世界各大集团能够并肩。工藤新一在自己的幻想世界里，尽情的幻想自己有多么厉害、多么无敌。
结局3：继续带大家开个脑洞！其实工藤新一才是这个黑衣组织真正的首脑，那天工藤新一与自己的青梅竹马毛利兰悠闲的去了游乐园玩乐，其实在这暗地里里保护这自己的组织进行交易，无奈那群没用的手下为了贪污省钱，竟然招聘了临时工，正当我努力为自己的手下观察其交易的对象是否有问题是，那个临时工竟然从背后一棍子敲了下来，然后又喂错了我要药，那可是我出巨资研发出来的回春药啊！没想到在我的身上发生了异常反应，我的身体细胞组织莫名的融合缩小。
又因为那个临时工那棍子敲的实在太狠了，等我醒过来的时候，我已经失去了一部分记忆了。失去记忆的我，一直在悄悄的打探这个黑衣组织（黑衣组织并没有发现自己boss变小这个事实），打算揭露这个黑衣组织！没错，这个结局就是柯南与自己的组织斗智斗勇的故事，真相就是这么扯淡。