朱元璋的墓并没有被挖。从1997年起，文物专家用高科技手段对朱元璋的孝陵进行了长达6年的考古勘探，最终证实孝陵在历史上确实没有被盗掘过，所以内部设施至今保存完好。对于这种情况，民间有人说是朱元璋的杀气太重，所以盗墓贼只能敬而远之，生怕会遭到朱元璋的报复。这种迷信的说法当然不足为信，事实上，明孝陵不被盗掘，是由多方面的因素共同决定的。
孝陵内部设置了鹅卵石防盗机关。如果盗墓贼挖开一个洞，鹅卵石就会从四面八方滚落下来，将洞填满，盗墓贼不但无法进入，还有可能被鹅卵石砸死。孝陵结构异常复杂，内部弯弯曲曲的细道犹如迷宫一般，盗墓贼即使侥幸进入，也很有可能会迷失在地宫深处。
孝陵在建设时横向凿入山体，从内部掏空大山，建设地宫，使得盗墓贼无法从顶部或下方打盗洞进入，只能从唯一的墓道进入地宫。而墓道却被工匠们采用特殊的方法隐藏起来了，考古人员用精密仪器测定出它不在地宫中间的位置，而是偏在一边，那些没有仪器襄助的盗墓贼想要找到墓道，只能是痴人说梦。
除了孝陵本身难以进入外，历朝历代的保护工作也是做得非常到位。在明代，有驻军专门守护陵墓，人数超过五千人。满清入关后，为了笼络汉民族，清廷也是积极保护明孝陵，在顺治年间就开始派专人守孝陵，还让僧人对外墙破损部分进行修缮。康熙皇帝在陵前立了“治隆唐宋”的石碑，也相当于一块保护牌子，再不开眼的盗墓贼见此碑也不敢轻举妄动。清宣统元年，为了保护孝陵，清相关主体还竖起了告示碑，告诫世界各国游客不要在孝陵乱涂乱画。
在当代，孝陵更是重点保护对象，南京市文物部门曾投资300多万元对局部坍塌的墙体进行了维修，此后更是开展了多项保护工程。现在，孝陵大数据监测预警平台也已经启动，孝陵的安全更是得到了全方位的保护。