三星堆遗址是先秦时期长江流域最大的中心聚落，包括三星堆一期文化、三星堆文化、十二桥文化三个阶段的依次堆积，历时之久为中国仅见，是研究古文明演变的绝佳标本。
三星堆遗址的文化堆积，一至四期都很丰富，主要堆积的范围也大致相若。一至四期的堆积在地层上是连续的，文化上是传承延续的。根据C14测年数据，年代从距今 4800到2600年前 ，时间跨度超过两千年。比殷商早1200年，对应的不仅是夏朝，而且还有夏朝之前的唐虞传说，彻底颠覆了中华文明起源黃河文化的史学观，增加了西亚两河流域文明来源史学观。
換句话说，结合分子人类学研究，我们上百年研究成果《中国通史》可能要扫进历史垃圾箱。最近有史学家提出中华文明的形成是“从满天星斗到多元一体”，宏观上大家使用的器物有相似性，根据具体的差异可以细分为几个“文化区”，各文化区的文化各有自己的兴衰起伏，最后形成了中原中心。三星堆文化受到重视的原因是以三星堆为代表的四川盆地是其中一个“文化区”，而且其文明的巅峰期很繁盛。
但三星堆文明与中原文明又有着非常大的文化差异。首先和中原的龙文化不同，三星堆文明崇拜鱼和鸟；李白《蜀道难》里就提到巴蜀地区的“蚕丛及鱼凫”；中原地区祖先天地崇拜氛围比较浓厚，但也有“子不语怪力乱神”的说法，三星堆文明却拥有极其浓厚的宗教氛围，三星堆出土的大量青铜器中，基本上没有生活用品，绝大多数是祭祀用品，祭祀用的权杖等和埃及玛雅文明十分类似。