鳟鱼和三文鱼所属动物种类不同，这是它们之间最重要的区别，虽然虹鳟鱼和三文鱼属于近亲，但它们并不是同一种鱼，三文鱼是动物中是鲑鳟鱼，而虹鳟鱼则属于海尊中的虹鳟。这两种鱼不但所属动物类别不同，他们的生活环境也不相同，三文鱼主要生活在太平洋中，而虹鳟鱼只要在低温淡水中就能养殖。鳟鱼和三文鱼在纹理与颜色上也有明显区别，虹鳟鱼的脂肪含量比较少，他的线条细，而且边缘比较硬，把肉片切开以后，红白相间的纹理特别明显，但三文鱼的脂肪含量却比较高，它的肉色偏橙黄，而且它线条比较宽，边缘柔软。
鱼肉的厚度不同也是虹鳟鱼和三文鱼最明显的区别，虹鳟鱼是肉质比较硬的一种水产食材，它在加工时切出的鱼片会比较薄，不然在烹调好以后，口感也不会太好，但三文鱼的鱼片却可以切成一厘米左右的厚片，即使是这样烹调好以后，肉质也十分细嫩，口感特别好。虹鳟鱼和三文鱼在光泽度上也有一定的区别，把虹鳟鱼的鱼肉切开以后，放在灯光下会发现它是黯淡无光的存在，但三文鱼的鱼肉切开以后光泽度却特别好，它有油油的光亮，把这种鱼肉放在灯光下时，会有微微的反光出现。
如果是活着的三文鱼和虹鳟鱼就比较好对比了，首先体型上三文鱼每条差不多有一米多，体重在5到20公斤之间属于比较大型的；而虹鳟鱼相对就小了很多，一般体重在1.5公斤左右；然后是鱼鳞，三文鱼鱼鳞很小几乎到了肉眼难见的地步，而虹鳟鱼的鱼鳞就比较大了；还有三文鱼的体型细长如潜水艇，并且上下嘴边无牙，只有口腔中有少量牙齿，虹鳟鱼体型宽腹部大，上下嘴边都有锯齿般的尖牙。