目前威胁江豚生存状况的主要原因依然是人类活动的干扰，长江江豚种群趋于向受人为扰动较少的江段集中，过半数水域种群持续下降或没有发现，种群分布呈碎片化特征。航运航线一定程度上影响到江豚以及其他鱼类对于栖息地的选择,由此可能引发其他一系列的危害.
于康震介绍，水域污染、工程建设、航运发展、过度捕捞，以及非法采砂等人类活动，将直接或者间接的伤害长江江豚。人类活动不断压缩江豚栖息地、导致其栖息地质量下降，江豚种群碎片化程度十分严重。此外，航运等人类活动还干扰着江豚的通讯交流，最终导致长江江豚意外死亡的现象频发，仅今年上半年，就已发现了10几头长江江豚死亡（参见《财新周刊》报道“长江‘无鱼’”）。
运船的行使途中引擎造成的巨大声响会严重影响江豚对河流或者猎物的错误判断,极有可能致使江豚与船只发生碰撞,有甚者被螺旋桨等剐杀.长江干流里分布的江豚在码头港口区域集中,如安庆渔政码头、镇江海事码头、芜湖滨江公园等.码头港口区域航运非常密集,对江豚的生存造成极大的威胁.一些化工原料或者生产污水有一定能力影响到江豚的繁育能力以及免疫力,导致低出生率以及存活率致使江豚数量减少.长江流域394个排污口一半以上不达标,附近水土过度使用农药,工厂排放废污,都有可能使做到水质中夹杂过量重金属或者有毒废物,通过食物链间接或者江豚直接接触,都会对江豚造成永久性,半永久性伤害.