长江江豚只生活在长江和通江湖泊洞庭湖、鄱阳湖中。作为旗舰物种，江豚被称作长江生态的“活化石”和“水中大熊猫”。按照目前尚未更新的《国家重点保护野生动物名录》，江豚仅属于国家二级保护动物。“整体来说是由于生态环境的恶化，破坏了江豚的栖息环境。”29日，武汉水生所博士郝余江接受澎湃新闻采访说，江豚处于食物链的顶端，最容易受到人类活动的影响：人为渔业活动、有毒物质的排放、食物资源短缺、渔业资源衰退、航运等都是可能导致江豚死亡。
长江曾是中国生物多样性最丰富的地区之一，但高强度的人类活动正在将长江变成“死水”。2013年，世界自然基金会（WWF）和农业部长江流域渔业资源管理委员会共同发表的一项报告指出，长江上游渔业资源濒临崩溃，特有物种消失了一半，而过度的水电开发、违法捕捞等人为因素是导致这一后果的直接原因。“规划自然保护区、迁地保护、推进保种计划、建立人工饲养群体等措施”、“对于洞庭湖江豚的保护，最主要的是控制各种有害渔业活动，控制快艇的速度等”，郝余江希望以此保证江豚继续繁衍，减缓自然种群下降速度。
葛洲坝三峡桥建对于流域内的江豚的迁移以及交配产生较大影响,人造工程直接性的切割了江豚群体,较小的群体更易灭绝.像是九十年代大熊猫被物理隔绝之后出现的小型群体性灭绝.较小部群导致的基因缺乏多样性也可能致使江豚陷入近亲交配的窘境,基因的缺陷也可能使做到江豚数量大幅度减少或区域性灭绝.