巴西龟的公母分辨主要有三点：1.前爪：公的长，母的短。2.尾巴：公的粗长，母的短。3.泄殖孔：公的在肛盾外侧，母的在肛盾内侧。通常来说，体型小的幼年龟（个体重250克以下）因性未成熟，性别难以鉴定。某些店长在出售幼年巴西龟时，说可以根据腹甲花纹来判断性别，这完全没有科学根据。同年龄的龟，雌性个体体形总是大于雄性个体。常见的巴西龟雄龟个体重达300克，雌龟个体重500克左右性成熟。其他龟类因品种不同而标准也不同。总体来说对于常见的龟，无论水龟还是陆龟，对于其幼年龟，从体形上通常可以通过以下性别特征来鉴定其性别：雌性龟：背甲较短且宽，腹甲平坦中央无凹陷，尾细且短，尾基部细，泄殖孔距腹甲后缘较近，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较浅，缺刻角度较大。雄性龟：背甲较长且窄，腹甲中央略微向内陷，尾粗且长，尾基部粗，泄殖孔距腹甲后缘较远，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较深，缺刻角度较小。
此外，对于成熟个体可以通过下面的方法进行鉴别：将龟的腹甲朝上，左手的大拇指、食指二中指分别将龟的前肢、头压迫缩入壳内，右手将龟的尾摆直，若龟的泄殖腔孔内有黑色的阴茎伸出，则为雄性;若龟的泄殖腔孔排出泡泡或稀粘液，则为雌性。对于大多数种类的同年的成年龟，雄龟体形较薄而小；雌龟体形圆厚且大。而具体的性别辨别方法为：排泄孔位置及形状可分辨出雌雄：公龟的位置接近尾端，孔形长形。母龟的位置接近腹甲，孔形圆形。尾部的粗细大小，公龟尾较粗大，母龟较细短。甲是否凹陷，公龟有明显的凹陷，母龟平坦。注意雄性乌龟成熟后全身变成黑色，而雌性乌龟则还是原来棕褐色体色。雄龟腹部的花纹稀疏，而雌龟腹部的花纹密集。雄性个体重不超过500克，四肢的爪较长，雌性个体重达可达1000～2000克，但其指甲会较公龟来的短。