科属不同：青占鱼是鲈形目、鲭科、鲐属鱼类。秋刀鱼是颌针鱼目、竹刀鱼科、秋刀鱼属鱼类，由于其体形修长如刀，生产季节在秋天而得名。体型不同：青占鱼体型粗壮微扁，形状呈纺锤形；秋刀鱼体型纤细而延长，形状呈棒状。体色不同：青占鱼体背呈青黑色或深蓝色，体侧有不规则的深蓝色虫蚀纹，腹部白而略带黄色，胸鳍浅黑色，臀鳍浅粉红色，其他各鳍为淡黄色。秋刀鱼体背呈深蓝色，腹部呈银灰色，体侧中央有一银蓝色纵带，胸鳍浅灰色，臀鳍和腹鳍白色，背鳍及小鳍、尾鳍为灰褐色。
牙齿不同：青占鱼口大，上下颌等长，各具一行细牙，犁骨和跨骨有牙；秋刀鱼下颌稍长于上颌，两颌齿细弱，排列成一行，犁骨、腭骨、舌上无齿。背鳍不同：青占鱼背鳍2个，相距较远，第一背鳍鳍棘9～10根，第二背鳍和臀鳍相对，其后方上下各有5个小鳍；秋刀鱼背鳍1个，后面上下各具5-6个小鳍。分布不同：青占鱼分布于北太平洋西部，中国、朝鲜、日本及俄罗斯远东地区，最北可达鄂霍次克海。秋刀鱼主要分布于太平洋北部的温带水域，包括日本海、阿拉斯加、白令海、加利福尼亚州、墨西哥等海域。
青占鱼不比秋刀鱼，错误的吃法可能会把你送进医院，千万不能乱吃，每年因为秋刀鱼中毒的人不少。那是因为变质后的青占鱼会生成一种叫做组胺的物质，误食之后会出现中毒的症状，新鲜的青占鱼并不含有这种物质，因此青占鱼在自然环境下防止两天以后就不要再使用了，夏天更要注意。食用青占鱼的时候要尽量保证吃新鲜的，变质的青占鱼不要随意乱吃了。
如果不知道买回来的青占鱼新鲜程度，可以采取一些措施减少中毒现象的发生。在煮青占鱼的时候可以放入一些山楂、绿豆、小白菜等一起炖煮30分钟以上，或者把买回来的青占鱼先加入盐和白醋煮15分钟以上，这样大部分的组胺就会被破坏，吃起来也更放心了。还有一点，青占鱼虽然看起来跟秋刀鱼很像，但是不适合跟啤酒，葡萄酒一起使用，因为同食会产生过多的尿酸，长时间如此会造成中风。