水龟在水中生活，养龟水深一般比龟背稍高的深度即可，无须太深，最多不要超过龟背高度的2倍(如果水位过高可能会被淹死，深水养龟需要慢慢加深),最好可以提供一块高出水面的石头，让龟爬上去晒背;龟需要阳光，如果完全室内饲养，要经常让他晒太阳，每天十多分钟。建议饲养在东南面可以晒到阳光大约1-2小时的地方(不需要长时间的阳光直射)，并提供遮阳条件(可以在缸顶放一小块木板部分遮阳)，免得中暑。夏天要注意预防缸里生长水藻，可以买除水藻剂，一般的水族店都有卖。缸底可以铺一些小石子或者大的鹅卵石。不过如果铺了，在换水的时候就很麻烦，新手建议用裸缸，就是啥都不铺。水中不要放水草。
鉴于高密度集约化养龟条件下，龟的摄食量和排泄物都较多，而水温又较高，即使投喂的饲料是绿色饲料，其对水质的污化速度也较快，水体中易产生较多有害物质，尤以氨化亚硝酸盐及H2S危害较重，而通过泼洒和底施光合细菌，即可有效地改善水质，减少有害物质。每次加注新池水时，同时施用10×10-6～15×10-6光合细菌;换水也是调节水质的有效方法，水深20厘米左右可每天换一次，30厘米的水深可2天换一次。切忌多天不换水，不可使水体散发臭味。每隔7天～10天可泼洒一次生石灰，浓度为70×10-6，并注意与光合细菌交叉施用，不可同时使用。
鳄鱼龟喜欢生活在干净的水环境中。所以在饲养过程中应该注重更换新水。而且，要保证鳄鱼龟的成活率，就要保持水温环境的稳定。水温的科学调控直接影响成龟养殖的增重及成活率，鳄龟长期在18℃～20℃的条件下，生长速度要比最佳生长水温30℃～31℃慢几倍。因此务必使养龟水温维持在30℃～31℃内。另一方面正在换水或裸露在外界的养龟池恰遇暴雨或气温骤变等恶劣天气时，应及时防范，极力避免水温变幅大于2℃。