沿下颌牙齿中缝开刀至肛门处，取出内脏、气囊和鱼鳃,把脊椎与头连接处的淤血洗干净，而后从头沿脊椎开刀至尾端，取出脑及外膜和脊椎内的淤血,把眼睛刺破，挤出里面的液体,将河豚两边皮肉下的气囊扯掉，将河豚尾巴中间的血槽用剪刀从根部剪开放血,最后将其皮剥掉，然后用清水将整条河豚的血和污物洗干净，开水烫一下，最后清水浸泡河豚1-4小时，期间换水3-5次，一直到水中没有异色为止。
河豚的剧毒源于体内的河豚毒素及河豚酸，据报道，只需要0.0005克河豚毒素或0.001克河豚酸，就足以使1公斤重的小狗死亡，这种毒性确实是令人望而生畏。但是，河豚的种类很多，不同种类的河豚毒性相差很大，有些河豚本身的毒性就很低，经过多年人工养殖后毒性更低，再加上正确的处理就完全可以放心食用。所以，我国于2016年的9月份开始，已经对争议了近三十年的河豚“禁食令”进行了有条件的开放，允许人工养殖的红鳍东方鲀和暗纹东方鲀摆上普通老百姓的餐桌。
家庭食用河豚必须选用人工养殖的红鳍东方鲀和暗纹东方鲀，因为这两种河豚本身的毒性就很低，再加上多年的人工养殖驯化，毒性更低。针对人工养殖的红鳍东方鲀和暗纹东方鲀，国家疾控中心、出入境检验检疫局检验中心、地方质量检验所等具有资质的权威检测机构，已经进行了长达10多年的连续抽检。
检测结果显示，几乎全部未检出毒素或小于毒素0.05mg/kg，至今最高检测结果为0.21mg/kg，远小于限量值的十分之一（检测含量小于2.2mg/kg为无毒级）。该结论表明，人工养殖的红鳍东方鲀和暗纹东方鲀毒性含量明显降低，已可达到无毒级，并且经过无毒加工处理，可以安全食用。