每天服用深海鱼油不超过3克的情况下，对大多数人来说都是安全的。服用深海鱼油剂量过高，会导致血液不易凝结，增加出血的风险。可能会出现的鱼油的副作用有：嗳气，口臭，胃灼热，恶心，稀便，皮疹和流鼻血。随餐服用深海鱼油补充剂，往往可以减少这些副作用的产生。某些鱼类，特别是鲨鱼、鲭鱼和养殖鲑鱼，可能会受到汞和其他化学品的污染。深海鱼油属于保健品，不是药品，所以一般可以经常服用，如果为了降血脂，一般半年后复查一下血脂，平时低盐低脂饮食，适当锻炼身体。
深海鱼油实际上就是一种脂肪，单纯的多不饱和脂肪酸，每种脂肪单一使用都有所谓的不良反应，所以，从营养学角度，医生从来不建议人们只服用一种脂肪，而是建议才长期服用深海鱼油的患者摄入各类脂肪。对于那些饮食中偏向不饱和脂肪酸摄入的人士，比如一些素食主义者，营养学则认为他们应该通过适当服用维生素E或维生素C来防止副作用。把深海鱼油当做正常饮食外的保健品服用，无疑增加了人们饮食中的热量摄入，也是不利于人体健康的饮食习惯。
深海鱼油中的EPA和DHA与情绪平衡有密切的关系。当血液中的EPA和DHA的浓度偏低时，发生轻～中度忧郁症的几率会明显提高。大量临床实验证明，与不爱吃鱼的人相比，爱吃鱼者面对困难与压力表现得更为积极乐观，这是因为鱼中含有的EPA与DHA还有改善情绪的作用。