求偶配对时，常有求偶鸣叫，鸣声在两性之间有二态性。合恩角企鹅鸣声似驴鸣。到繁殖季节，帝企鹅能找到旧巢及旧配偶。除帝企鹅只由雄鸟担任外，所有种都由两性孵卵。在交配时企鹅群中十分热闹，鸣声聒耳，到孵卵时则一片寂静。卵和雏鸟的死亡率决定于气候条件、幼鸟在生殖种群的百分比和敌害等因素，一般为产卵总数的40-80%。产卵后，雌鸟常常离群到海洋觅食，约10-20天后回来替换雄鸟，以后便以一两周为期互相轮换。
但雌性帝企鹅从鸟群到海洋需要走80-160公里，一直到64天孵卵期之末才能返回；此时正值南极严冬，雄帝企鹅互相依靠在一起，每个雄帝企鹅都会将卵置于足上孵化，并靠体内储存的脂肪生活；直到严冬过去，雌性帝企鹅回来后，雄帝企鹅将幼雏移交于雌性帝企鹅足上。
企鹅幼雏从卵壳孵出需24-48小时，孵出后即表现有取食行为，将嘴放入亲鸟口腔，取食成液状的吐出的甲壳类或鱼类食物。开始时，幼鸟藏在亲鸟身下；逐渐长大之后，幼鸟停留在亲鸟体侧。幼鸟从孵化到完全独立的期限，在较小的种要2个月，帝企鹅需5个半月，王企鹅12-14个月。半成熟的幼雏会成大群由成鸟照管，如在“托儿所”内一般。
成鸟每年更换全部羽毛一次。换羽时不能入水，通常躲在鸟群以外的一个掩蔽地点。企鹅游泳迅速，用鳍肢作为推进器。需高速前进时，常常跳离水面，每跳一次可在空中前进1公尺或者更远，并在此期间呼吸。在陆上则步态笨拙可笑，但前进速度甚快，以前肢为平衡器。可在岩石上灵活地行动，亦可在冰雪上以腹部著地滑行，以足及前肢为推进器。企鹅能藉太阳的位置来定向。