白鼠、小白鼠属啮齿目，家兔属兔形目，它们的食性不同，所以在消化系统方面，两者的齿式、胃、胆囊、胰管、盲肠等都有区别。其他各系统都很相似。值得指出的是两者的生殖系统基本上是相同的，但跟其他多数哺乳动物不同。如雄性个体的腹股沟管（鼠鼷管）终生开放，所以睾丸只在生殖期才降入阴囊。
大白鼠的泄殖系统跟小白鼠的一样也包括泌尿器官、生殖器官两部分。泌尿器官是一对暗红色的豆状肾，内侧凹入叫肾门，各伸出一条白色的输尿管都进入膀胱。膀胱是一个可伸缩的半透明囊，它的基部两侧接受一对输尿管运来的尿。它基部后方则通入尿道并通向体外。它的生殖器官雌雄各异。先粗略地在外形上鉴别雌雄。可明显看到、尿道和阴门三个孔，体表明显有6的是雌性。
生殖孔距离较大，只有2个孔的是雄性。雄性，睾丸是一对白色豆状物，生殖期降入阴囊，不在生殖期经腹股沟管（即鼠鼷管）缩入腹腔，睾丸尾端有副睾，从副睾伸出白色输精管经膀胱后方进入阴通到体外，在输精管、膀胱交界的腹面有一对鸡冠状的精囊腺。雌性，在肾上方有紫黄色带颗粒状突起的腺体是卵巢，其外侧各有一条细输卵管。近卵巢处有喇叭口开口于腹腔，输卵管下方膨大成，两侧结合成“V”字形，各自开口，通体外。
观察大白鼠的消化系统用解剖刀深切咬肌，并用骨剪剪开口角，用力把下颌往后拉，使口腔充分暴露，可以观察到它共有4枚凿状的门齿和左右各3对臼齿。舌基部后方是咽，向下渐细。用镊子提起气管，看到后面是肉质食管，上连咽部，下跟胃中部的贲门相连。胃的弯曲不显著（兔的显著），胃前有较发达的两层口袋状的大网膜（兔不发达），左侧贲门部胃壁薄，呈灰白色，半透明状，右侧幽门部壁厚，血管多呈红灰色。胃下有条状的脾。