牡蛎的种类有很多，生蚝是其中的一种，可以说生蚝是牡蛎，却不能说牡蛎是生蚝，两者是从属关系，是生蚝从属于牡蛎。个头不同：生蚝的个头较大，大生蚝加上可重量可以达到一斤多；而其他品种的牡蛎的个头很小，有成人的一小节拇指那么大。生长环境不同：生蚝一般生活在比较少见的江河和大海的交汇处，在半咸半淡的内湾浅海上，由于生长环境有所限制，所以产量很少；而牡蛎在我国自渤海、黄海至南沙群岛均产，约有20种。
肉质颜色不同：生蚝的肉质是乳白色的；而有些品种的牡蛎肉质是淡青色的。含锌量不同：生蚝的含锌量很高，每一百克的含锌量为71.2毫克，比牡蛎高出了七八倍，被称为“海里的牛奶”。由于生蚝是牡蛎种类中的一种，因此，牡蛎哪些部位不能吃，生蚝是一样的，牡蛎的食用禁忌和生蚝也是一样的。
牡蛎的外壳和内脏是不能吃的，外壳不能吃我们都知道，内脏不能吃是因为内脏团中容易藏着重金属等海草或是污染物，所以在吃的时候要注意，如果发现有稍微发黑的肉块，多是内脏团，不能吃。
吃牡蛎之前要注意，首先闻一下气味，如果有异样的味道，说明已经腐败，建议不要吃；其次要将其外壳的泥沙洗干净，然后去除内脏比较好。牡蛎如果是生长在很干净的海域，可以生吃，如果生长环境不太好，不建议生吃；且它不能和糖、马蹄、辛夷、啤酒、吴茱萸、高粱米、玉米、柿子、芹菜、啤酒等一起吃，会引起食物相克。