曾广泛分布于中国东部、日本、俄罗斯、朝鲜等地，由于环境恶化等因素导致种群数量急剧下降，至20世纪80年代仅中国陕西省洋县秦岭南麓有唯一7只野生种群，后经人工繁殖，种群数量已达到200只（2008年）。朱鹮在中国曾广泛分布于东北黑龙江省乌苏里江流域和兴凯湖，吉林省东部、中部和西部，辽宁省辽东半岛大连、金县和营口。
朱鹮受到生存环境恶化、天敌威胁和自身生物学性质的影响而濒危。由于适合朱鹮筑巢的高大乔木遭砍伐，以及适合朱鹮觅食的水田大面积改造为旱田，该物种的生存空间正在不断收缩，另外越来越广泛使用的农药也威胁了它们的安全。朱鹮种群高度密集，至今只有一个野外种群，一旦爆发疫情很容易造成种群灭绝，另外自身繁殖能力低下与抵御天敌的能力较弱也是造成该物种濒危的重要原因。
在我国，朱鹮曾经分布于黑龙江、吉林、辽宁、河北、北京、山西、陕西、甘肃、内蒙古、河南、山东、安徽、江苏、江西、上海、浙江、福建和台湾等地。二十世纪初期，我国朱鹮的数量也开始急剧下降。认为朱鹮已经在我国野外绝灭。
1978年，一份有关野生动物的紧急报告引起了亚洲国家的关注。报告里说被称为“吉祥之鸟”和东方宝石的朱鹮已陷入灭绝的境地。在日本，最后一只野生朱鹮已经死去，动物园里饲养的六只已经失去了繁殖能力。我国自从1964年在甘肃捕获一只朱鹮以来，一直没有发现朱鹮的踪迹.