麝香龟是深水龟，但是水位需要根据麝香龟的体型大小决定深浅，设置晒背台的话，只需要将水位加到淹没麝香龟即可。但是需要保证麝香龟能将头部伸出水面，并且在换水时需要注意不能一次换水，而是需要隔天换一半水过渡。麝香龟是深水龟，但是饲养时水位不可太深，尤其是对于幼龟而言，容易导致它们很紧张。主人需要根据麝香龟的年龄增长，适当的调整饲养麝香龟的水位，才能让麝香龟更好的成长。
加上主人需要在龟缸内设置晒背台，一般将水位加到能完全淹没麝香龟龟壳就可以了，但是也需要保证麝香龟能够随时将头部伸出水面，方便麝香龟能够出水呼吸。但是在饲养麝香龟时需要注意，每次给麝香龟喂食完毕后，需要及时捞出未吃完的残食，避免污染水质。另外，就算水质受到污染，也不能一次性换全部水，需要隔天换一半水。
增加麝香龟一处水下的躲避所或洞穴将很实用并能减轻紧张。如果是用假山制成要确定不会倒塌压到龟。用半个花盆能很好的达到这一目的。水的质量非要。如果能花一点时间和金钱用在为宠物设计和购买适当的过滤系统，许多水龟的问题能被避免。
麝香龟虽然是深水龟，但是人工布置的水位还是需要一些细节的，特别是针对幼体来说太深的水位会容易导致幼龟紧张，随着年龄的增长水位可以做适当的调整，同时注意准备一个晒背的场所。
