关于成吉思汗的死因，没有明确的正史记载，目前大概有五种说法，多与西夏有关，其中最正统的，也为更多人的知道的，就是《元史》中采信的“坠马说”。蒙古人撰编的《元朝秘史》（卷十四）记载，“成吉思既住过冬，欲征唐兀。从新整点军马，至狗儿年秋，去征唐兀，以夫人也遂从行。冬间，于阿儿不合地面围猎，成吉思骑一匹红沙马，为野马所惊，成吉思坠马跌伤，就于搠斡儿合惕地面下营。次日，也遂夫人对大王并众官人说：‘皇帝今夜好生发热，您可商量’。”
“唐兀”，是当年蒙古人对西夏人的叫法；“狗儿年”，是宋理宗宝庆二年（公元1226年）。这里交代一个史实，成吉思汗于1226年秋天，带着夫人也遂去征讨西夏国。冬季时，在一个叫阿儿不合的地方打猎。不想他的骑的一匹红沙马，却让一匹野发惊了，导致没有防备的成吉思汗坠落马下受伤，当夜就发起了高烧。1227七月“不豫”，病根即在此。为什么一次坠马伤重成这样？据说是流血太多。
当时，也遂请随从的将领商议这事怎么办，有人建议反正西夏城池都在，一时半会也逃走不了，干脆回去养伤，等好了再来攻打。成吉思汗一生要强，心想如果这样回去会让西夏人笑话。也该他魂断西夏，成吉思汗派员去西夏国探听情况时，正好西夏一叫阿沙敢不的大臣讥笑，有本事你就来过招。成吉思汗听说后，表示宁死不退兵，遂挺进贺兰山，将阿沙敢不灭了。但此后，成吉思汗的伤病一直未好，反而加重，到1227年农历七月十二（今阳历8月25号）病死了，时虚岁67。如果当时成吉思汗回去了，这病根子就不会落下了。
还有种说法是“雷击说”。这种说法比较离奇。出使蒙古的罗马教廷使节约翰·普兰诺·加宾尼在其所文章透露，成吉思汗是可能是被雷电击中身亡。约翰·普兰诺·加宾尼为葡萄牙人，出使中国的确实时间是公元1245-1247年，由教皇诺森四世派遣而来，回去后向教皇提交了题为《被我们称为鞑靼的蒙古人的历史》出使报告。约翰·普兰诺·加宾尼来时距成吉思汗死亡只有18年，比马可·波罗早30年，记叙并非空穴来风。
“中毒说”这种说法，来源于《马可·波罗游记》。马可·波罗是十三世纪意大利商人，于1275年到达中国。其时正是元世祖忽必烈当政时间，有元朝有过17年的交往。其在游记中记叙的成吉思汗的死因：在进攻西夏时围攻太津（吉州，古要塞）时，膝部不幸中了西夏兵士射来的毒箭。结果可想而知，毒箭攻心，伤势益重，一病不起。但民间另有传说，成吉思汗是“中毒”而死，但却不是中了西夏兵士的毒箭，而是让被俘虏的西夏王妃古尔伯勒津郭斡哈屯下了毒，当时这位西夏王妃乘陪寑之机行事的。