阿伊努人的外貌与大和族人截然不同，他们眉突出，头发稠密，眼圆而深陷，睫毛长而分歧，鼻垂直，脸和全身多毛，明显具有欧罗巴人种的特征。由于他们能够生产一种以绳子花纹纹饰外表的陶器，因此也被日本考古学者称为绳文人。
绳文人虽然辉煌一时，但由于处于孤岛上技术难以交流和发展。逐渐被东北地区的汉人、高丽人、蒙古人、马来人、印度尼西亚人所驱逐，向北方退去，后者成为了构成今天日本人的主体民族，大和族。而前者一支仅存少数人，残居于日本北方。历史上，大和族曾经给他们起过很多名字，毛人、熊夷。在明治时代之后，他们被，在北海道北部沿海地区生活着一个少数民族，那就是阿伊努族，目前在日本唯一被官方承认的原住民。
目前，纯种阿伊努人已经十分稀少，日本官方统计阿伊努族人口为2.5万人，非官方统计为20万人，相比于人口上亿的大和民族，可谓微乎其微。但由于长期的通婚，这支欧罗巴人种的基因已经混入了日本人的血脉中。所以我们经常能见到很多日本明星在相貌上有欧洲人的影子。
日本土著体毛多，但没有鹰钩鼻，反而考古资料是阔鼻厚嘴唇，太平洋尼格罗特征说的形象点，日本现在残存的阿伊努人可能相对那些已经在本州消失的土著算北方人还有有可能是混入了一点阿尔泰血统的“北方人”，较为纯正的阿伊努人可能相比今天的阿伊努人身材更为矮小，更多一些低纬度地区人群的特征。