2000年，秦海璐和麦惠芬主演文艺电影《榴莲飘飘》，这部影片讲述了秦燕为讨生活前往香港做暗妓结识阿芬而发生的关于榴莲的故事。秦海璐在影片中饰演的是秦燕，秦海璐让散发着怪异香味的“榴莲”拥有了直抵人心的力量，关于梦想的代价最后只能用卑贱的躯壳来偿还，秦海璐将这种角色拿捏的很好，获得了第38届台湾电影金马奖最佳女主角！
2002年，秦海璐和陈建斌主演剧情电影《像鸡毛一样飞》，这部影片讲述了一个失败的诗人遇到了一个孤独的女孩，两人经历了一番情感的波折开始各自逃离的故事。秦海璐在影片中饰演的是方芳，有轻度色盲，秦海璐不单单是纯粹的表演，更多的是留给观众思考，去理解这个人物。
2011年，秦海璐和王千源主演喜剧电影《钢的琴》，这部影片讲述了一位父亲为了女儿的音乐梦想而不断艰苦努力，最后通过身边朋友的帮助用钢铁为女儿打造出一架钢琴的故事，通过小人物幽默与艰辛，展露一段感人至深的亲情和友情。秦海璐在影片中饰演的是淑娴，陈桂林女友，通过荧幕，秦海璐让观众看到了淑娴这个角色是真实存在的，展现了小人物的心酸。
2014年，秦海璐和吕中主演犯罪剧情电影《闯入者》，这部影片讲述了退休老太老邓的生活中出现一系列匪夷所思的意外为线索，老中青三代人的故事。秦海璐在影片中饰演的是王璐，老邓的大儿媳，一个性格强势、刀子嘴豆腐心的女人，秦海璐在选择剧本方面向来眼光独到，虽然有些作品叫好并不叫座，但她令人惊艳的演技往往让人印象深刻。
秦海璐2014年1月23日与王新军结婚。6月11日，受英国驻华使馆以及英国旅游局邀请，出任中英电影大使以及英国旅游形象大使身份。2016年，主演温情励志时尚大戏《妈妈向前冲剧情介绍" />妈妈向前冲冲冲》。出演翻拍自韩国惊悚电影《捉迷藏》；同年，参加北京卫视明星真人秀《跨界歌王》的比赛，获得最佳表现奖。2017年，主演情感剧《你迟到的许多年》。同年，受邀担任第54届台湾电影金马奖评委。