秦可卿的死很明确，久病不治，一朝（不，是一夜）身故。缠绵病榻的时间也不短，从中秋过后开始生病，到冬天赏梅的时候病得起不了身，然后穿插了贾瑞谋凤姐一段，再然后行文又回到秦可卿身上来，为弟弟打架而病情加重，请太医，然后病死。
这其中有不少疑点，比如医术高明的太医张友士，对秦氏的病情判断如神，他明明预见秦氏将会在春分前后死去，结果是死在了隆冬。还有秦氏的两个丫鬟，一个死殉，一个认为义女，又在丧事结束后留在庙里不回来，完全违背了常理。再有贾珍痛不欲生，虽然有当家人对有才华的晚辈的欣赏，但毕竟是公媳关系，表现得太出格。还有贵重的樯木棺材，以及尤氏忽发旧疾，等等等等，都似乎暗示出一个信息：秦氏之死，另有文章。
按著作者的文笔，用这么多的细节，暗示秦氏之死另有隐情，似乎不像：作者不是那么故弄玄虚的人。再联系批语中有“秦可卿淫丧天香楼……命芹溪删去”的话，可以推想：秦氏“另有隐情”的死，是在早期底稿中。在“增删五次”的过程中，作者本人删去了这一情节。
我怀疑删去“淫丧天香楼”是极晚期、在作者临终前的手笔，否则不会留下那么多自相矛盾的“漏笔”。有人认为是故意留下矛盾给读者暗示，我不能同意。理由同上：全书读来，行云流水，自然天成，哪里有这样的故弄玄虚？况且作者留下矛盾、暗示读者，是为了什么？为了暗示家族中曾有此丑事？为此宁可破坏平生心血凝结的作品的艺术性？这未免本末倒置了。
我们只能推测，在早期底稿中，秦氏是与贾珍通奸，被丫鬟宝珠瑞珠撞破，并且使尤氏与闻，导致了秦氏羞愤自尽。贾珍知道是自己导致了秦氏之死，有愧于心，并且对秦氏也有些感情，才会悲痛到失态的地步。另一方面，尤氏治家不严、驭夫无力，致使家中出了这样的丑事，受此打击，又惊又怒，一病而倒——也可能轻病重报，撂挑子以泄愤。两个丫鬟当然是撞破丑闻，担心被杀人灭口，才触柱的触柱，入庙的入庙，向贾珍表明保守秘密的决心。