剑桥大学共成立了31所学院，它们错落有致地分布在小镇里，其中3所为女子学院，两所只招研究生。这些学院由于建立于不同时代而风格各异、“贫富有别”。按专业划分，剑桥大学设置有100多个系所。
剑桥大学现有超过150所科系和研究机构，科系的成员通常也是一所或多所学院的成员，通常负责大学的学术和研究工作。
大学的科系和研究机构被组合为六所主要的科系，每个主要科系由许多科系和研究机构组成，并拥有一个议会负责监督不同机构的教学和研究工作。剑桥大学六所主要的科系是：艺术和人文、生物科学（包括兽医医药）、临床医学、人文和社会科学、自然科学、技术。除此之外，剑桥大学的一些机构也负责大学的教学和研究，这包括剑桥大学考试委员会、剑桥大学出版社和大学图书馆。
剑桥大学历史古老悠久，至今仍和牛津大学一样保持特的“学院制”。大学是一个自我管理的机评议院作为剑桥大学的立法机构，由大学、学院的三千多名教师和行政管理人员（均有硕士或更高学位）组成。大学的主要管理机构是政务会，主要由评议院推选的教研人员组成。教师理事会负责协调大学的教育政策，政务会财政委员会主管财政事务。
大学和学院各自相对独立。教师和学生均从属于一所学院，教学由学院和大学各系共同承担。大学为各学院统一开设课程，学位也由大学授予。
剑桥各学院对学生生活起着重要作用，那里不仅是他们起居社交的场所，也是他们接受小班级教学（学监制）的地方。这种管理体制也成为剑桥在独立的“教学质量评估”中成功的主要原因之一。除了大学提供的资源外，每个学院还有自己的图书馆和运动设施，有些还有自己的酒吧和剧院。大多数学院有自己的俱乐部和社团，学生可以参与各种非学术活动。
“导师制”是剑桥大学的一大特点，由各学院为学生指定一位导师，以了解和关注其生活和学习，并对学院和大学负责，但不承担学生的业务教学（由各个学系的教师担任）。因此，剑桥大学的教师须扮演好双重角色,一是在各系所担任教学和研究，一是在学院担任导师。
