双歧杆菌和益生菌的作用都是一样的，不分好坏。益生菌是一类对人体有益的活性微生物，可以直接服用来维持肠道内菌群的平衡。而双歧杆菌类则是一种活性菌，是益生菌中的一种，临床上对于它的研究属于微生态学的范畴，常备用来微生态调节剂设计微生态关系来防治疾病、增益健康。
双歧杆菌和益生菌都是指的活性菌，但是区别在于益生菌是一个大类，而双歧杆菌只是其中的一个分支。益生菌包含了所有的对人体有益的细菌，目前比较科学的分类是大概有三类：一类是乳杆菌类，包括嗜酸乳杆菌、拉曼乳杆菌等;第二类就是双歧杆菌类，包括长双歧杆菌、短双歧杆菌和嗜热双歧杆菌等;最后一类则是革兰式阳性球菌，像肺链球菌、乳球菌等，同时还包括酵母菌，也可以被归入益生菌的范围。
但是除了这一点区别，益生菌和双歧杆菌的作用其实是相似的，它能够帮助人体产生乳糖酶，从而代谢掉乳糖，这样对于乳糖不耐而导致的腹胀、腹痛有很好的治疗效果。其次益生菌能够生产乳酸和有机酸等物质，这些有利于帮助肠道构建一个酸性环境，能帮组肠道恢复正常的生理功能，改善便秘等情况。
双歧杆菌则是能够作为微生态调节剂，也是能改变肠道环境，起到调节肠胃的作用。对于大便干、肚子胀或者是频繁的腹泻、脸色差等等症状，双歧杆菌都能够作为有益菌调节肠道的菌群环境，以此来激发肠胃发挥正常的生理功能，改善腹泻、便秘等一系列问题。同时它还能修复肠道粘膜，刺激肠道分泌更多有益菌群，促进肠道对营养物质的吸收，调理肠胃。
益生菌比较知名的品牌有妈咪爱、合生元、金奇仕、纽曼思、汉臣氏、优之元、益力多、Culturelle、森活健康、乐活原素、普丽普莱、培宝康、智灵通、益力健、小象米塔、利贝乐等。益生菌的功效具有“高度的菌株特定性”，不同菌种、不同菌株、不同的供应商，不同的菌株配比，都可能有完全不同的功效。
