超滤与反渗透净水器的结构大致相似，他们在超滤膜、反渗透膜前一半都设有PP棉、活性炭等粗虑滤芯，而最终的差距就在超滤膜、反渗透膜的过滤表现了。一般而言，超滤式净水器的过滤精度大致在0.01-0.1微米，而反渗透膜的过滤精度可以达到0.0001微米，这就好比孔径大小的筛子做对比，明显孔距更小的筛子过滤精度更高。
就过滤效果而言，超滤净水器可以为你去除水中的铁锈、泥沙、细菌、病毒、余氯、异色异味以及重金属物质等，而反渗透净水器则能进一步过滤掉水中有益以及有害的金属离子，但人体所需的钙镁离子也会随着废水被排出。RO反渗透净水器的产出物近乎纯水，它甚至能用水海水的淡化。
反渗透净水器通过增加渗透压达到纯水逆着自然渗透方向反向运动的原理工作，它需要高水压“推动”，因此主流的反渗透净水器搭配增压泵才能正常工作，很多反渗透净水器都需要接入市电才能使用，而且增压水泵还会增加净水器运行的噪音。
超滤净水器则是物理式的过滤，超滤净水器在水压达标的地区无需加压就能正常过滤净水。再加上部分超滤净水器仅适用符合的单筒结构滤芯过滤，无论是空间占用还是安装的条件限制都更低。
超滤则无需担心流量的问题，他们每分钟出水大致1.5L，另外市面上有一些400GPD以上的大流量反渗透净水器，流量大致是1.2L每分钟，如果用水量大可要看好出水流量这个关键数值。
