方腊最后是被谁给擒的呢？很多人有不同的观点。看过影视剧《水浒传》的人说：“武松杀的！”因为“武松单臂擒方腊”乃是影视剧中的经典场景，至今让人印象深刻。失去一臂的武松，生平最后一战，便是替梁山活捉了方腊。但看过《水浒传》原著的人却表示，捉方腊的人，其实是鲁智深。
原著中曾写道，方腊从帮源洞山顶逃走后，连夜跑了五座山头。因为腹中饥饿，所以打算到茅屋内讨些饭吃。正在这时，松树背后转出个胖大和尚来，一禅杖将他打翻，取条绳索绑了。那和尚不是别人，正是花和尚鲁智深。他绑了方腊后，带到茅草屋中吃了些饭。出来后，正好碰到搜山的军健，便一起绑了见宋江。而鲁智深后来之所以在杭州六和寺出家，正是因为应验了智真长老给他的四句偈言：逢夏而擒，遇腊而执，听潮而圆，见信而寂。可见，在《水浒传》中，真正擒拿方腊的人，其实是鲁智深。
那在真正的历史上，擒拿方腊的人又是谁呢？据史料记载，宣和三年正月，方腊派大将方七佛率众六万进攻秀州，秀州统军王子武据城固守。不久后，宋军援兵赶到，方腊的起义军便大败而归。二月，宋徽宗下诏招降方腊，方腊却一口回绝，并于三月率起义军再次进攻杭州。结果此次又被杭州守将王禀打败。
随着起义军的节节败退，被方腊占有的歙州、睦州、衢州等地也相继失守，他一路退到了青溪县，最后退守帮源洞。尽管此时起义军还有20万人，但战斗力却大大下降。方腊藏在洞中不肯外出，由于石洞极为隐蔽，所以官军一时不知该如何进入。当时在宋军中担任裨将的韩世忠查到路径，带人杀到洞中，格杀了数十人。
四月廿七日，方腊和妻子、丞相方肥等人，被忠州防御使辛兴宗所俘虏。而辛兴宗在历史上只是个无名小将，根本没人听过他的大名。后方腊被押往汴京，被朝廷处死。因此，历史上真正杀死方腊的人，是辛兴宗这个无名之辈。