打方腊死的梁山好汉是韩世忠。据《宋史》记载，当时"兰溪灵山贼朱言吴邦、剡县仇道人、仙居吕师囊、方岩山陈十四、苏州石生、归安陆行儿皆合党应之，东南大震。"可以说，方腊起义就是在这时来到了最巅峰。
然而，盛极必衰是永恒不变的道理，当宋徽宗得知实情后，立刻派童贯率领十五万大军前去镇压。宣和三年(1121)，官兵赶到杭州一带，对方腊进行了大规模的围剿，而原本就是乌合之众，靠对手"衬托"才显得强大的方腊军队很快现出了原形。
很快，"诸将刘延庆、王禀、王涣、杨惟忠、辛兴宗相继至，尽复所失城"，而方腊则被迫与妻子、儿子、亲信大臣等五十二个人躲在了家乡附近一处隐秘的石涧当中。四月，宋军追至附近，但苦于找不到进入石涧的洞口。此时，作为将军刘延庆副将的韩世忠站了出来，生性勇猛的他找到住在附近的老妇，得知了进入其中的捷径，随后便"渡险数里，捣其穴，格杀数十人，禽腊以出。"
不过，尽管韩世忠才是真正生擒方腊的人，但俘虏却被守在洞外的辛兴宗抢走，此人夺走功劳，并将方腊等人送往京城斩了首。也就是说，历史上真正击败并擒获了方腊的就是日后大放异彩的名将韩世忠，也正是他为这场起义画上了句号，让方腊最终落得身首异处的下场。
尽管曾率领义军大肆抢掠，造成了比较大的社会损失，但方腊的斗争精神和组织能力还是值得肯定的。在著名法学家谢觉哉眼中，方腊是民族英雄，是拥有高明见解的宣传者和组织者，他反对天子，反对盘剥百姓，这些思想都十分先进。
正因为方腊起义的壮举，如今淳安县西部的威坪镇还有着一个"方腊洞"，相传，这里便是当年方腊藏身的洞穴。可惜的是，方腊虽然在历史上值得肯定，但却成为了小说中的"工具人"。在《水浒传》、《水泊梁山》等作品中，他常常是作为一个穷凶极恶的贼寇，来反衬出梁山好汉们的赤胆忠心、英勇善战，这实在是令人十分无奈的。