在电视剧《孝庄秘史》中，孝庄太后跟皇太极的弟弟多尔衮是一对爱侣。在野史传说中，也一直有孝庄太后二嫁多尔衮的传言。这传言说的有鼻子有眼，甚至连证据都有。据说在宣统年间，清宫的存档处曾经因为年久失修坍塌过一次，不得不进行修缮。
想要修缮房屋，就必须把存在其中历年的诏书都先整理起来。在整理的时候，有人发现了孝庄太后在顺治年间下嫁多尔衮的一份诏书。这份诏书被有心人藏了起来，并且带出了宫。此后，不少人声称自己曾经见过诏书，但是却拿不出任何的实证。著名历史学家阎崇年先生也曾经提起这份诏书，他说自己认识一个人，这个人言之凿凿地说这份诏书确实存在，但是却不知道遗失到了何处。
孝庄太后如果真的嫁给多尔衮，那无疑是一桩丑闻了，也怪不得清朝皇室要想尽一切办法来隐瞒这件事。除了这份下落不明的诏书，其实还有很多疑点，可以作为孝庄太后曾经改嫁的佐证。疑点之一，就是孝庄太后临死前留下遗诏，不愿意与丈夫皇太极合葬。跟皇太极合葬，无疑是极大的荣耀。但是孝庄太后却不愿意，这一点非常奇怪。
因此有人推断，孝庄太后可能是因为改嫁了多尔衮，无颜再去见第一任丈夫皇太极，所以不愿跟他合葬。疑点之二，顺治皇帝曾经称呼多尔衮为“皇父摄政王”。这一点在正史中有记录，并不是后人凭空杜撰的。如果说孝庄真的改嫁了多尔衮，顺治叫他“皇父”，也就顺理成章了。
但也有史学家提出完全相反的观点。他们认为孝庄不愿意跟皇太极合葬，并不是因为下嫁了多尔衮，而是因为舍不得儿子顺治和孙子康熙。皇太极葬在沈阳，孝庄不想跟皇太极合葬，也是因为跟这个丈夫其实没什么感情，毕竟她之前又不得宠。跟丈夫比起来，还是儿子和孙子更重要一些。
而顺治称呼多尔衮为“皇父摄政王”，也不一定就代表着孝庄改嫁给了他。顺治登基时还非常年幼，朝政大事都要依仗多尔衮。多尔衮又是顺治的亲叔叔，两人本来就很亲近。对于小时候的顺治来说，多尔衮就如同他的父亲一样。
他为了表示自己的尊敬和突出多尔衮的尊崇地位，称呼他“皇父摄政王”，也是在拉近两人之间的关系。因此，孝庄太后到底有没有下嫁多尔衮，仍然是一个谜。若是哪天那份神秘失踪的诏书能够重见天日，那谜底才能真的揭开。